Pontebba è il comune situato a metà fra il Canal del Ferro e la Val Canale. Per lungo tempo la Val Canale ricadde nella giurisdizione del vescovo di Bamberga (Baviera). Il Canal del Ferro apparteneva invece all'area italiana, con i feudi patriarcali dell'Abbazia di Moggio Udinese prima e con la Carnia di amministrazione veneziana poi. Per i quattro secoli del dominio della Serenissima, il confine con i territori austriaci passò proprio per Pontebba. C'era allora una Pontebba Veneta e una Pontebba imperiale (Pontafel), separate dal torrente Pontebbana.
Pontafel prese il nome di Pontebba Nuova nel 1918 con l'annessione all'Italia e venne unito a Pontebba il 15 agosto 1924.